Programma

Conoscenze di base sulle piattaforme di sequencing di nuova generazione;
Formati di dati di prodotti dai sequenziatori NGS;
Programmi di preprocessing: controllo di qualità e trimming delle short reads;
Algoritmi per il mapping delle reads sul genoma di riferimento;
Programmi per il variant calling;
Algoritmi per l’assembly di genomi o trascrittomi;
Librerie R per l’analisi dell’espressione differenziale dei geni e dei trascritti;
Studio di pipelines per l’epigenomica e la metagenomica;
Database ed algoritmi per il virtual screening;
Algoritmi stocastici per il docking molecolare;
Algoritmi per la minimizzazione dell’energia, termalizzazione del sistema macromolecolare e dinamica molecolare classica (all-atoms);
Equazioni per la descrizione di modelli dinamici di regolazione genica.