Esercizi

ESERCITAZIONE 1 - Giovedì 04/04/2024

A) Download di un trascrittoma da NCBI (file fasta)
Esempio TRASCRITTOMA ASSEMBLATO QUI
B) Download di una banca dati biologica contenente sequenze proteiche: SwissProt (file: sp.fa)
C) INSTALLAZIONE PROGRAMMI (by Pacifici_and_Cricca_Viterbo©)

Mac:
1) Installare Homebrew -->
In /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"
2) Installazione BLAST programma per comparare le informazioni contenute nelle strutture biologiche primarie, come ad esempio le sequenze proteiche o le sequenze nucleotidiche delle molecole di DNA
brew install blast
3) Installazione DIAMOND (accelleratore di BLAST
brew install diamond

Virtual Box
3.1) Aprire il terminale
3.2) Installazione BLAST
sudo apt install ncbi-blast+
3.3) Installazione DIAMOND
sudo apt install diamond-aligner
4) È possibile installare i codici eseguibili di BLAST da https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ (esiste anche una versione per Windows (ncbi-blast-2.15.0+-win64.exe) 5) Installazione TRANSDECODER
Da terminale MAc/VirtulaBox 4.1) wget https://github.com/TransDecoder/TransDecoder/archive/refs/heads/master.zip
4.2) Decomprime la cartella con: unzip master.zip
4.3)Una volta decompresso si ha la cartella:TransDecoder-master dove si trovano gli eseguibili TransDecoder.LongOrfs e TransDecoder.Predict

ALTERNATIVA PER IL BLAST
Installazione software: BLAST conda install blast
SCARICARE IL FILE QUI DIAMOND O DIGITARE SU TERMINALE IL COMANDO: wget https://deb.scienceontheweb.net/BioInformatica1/lezioni/diamond.o --no-check-certificate
UNA VOLTA SCARICATO RINOMINARE IL FILE CON IL COMANDO: mv diamond.o diamond

D) Indicizzazione del file sp.fa con BLAST/DIAMOND
E) Richieste (query) BLAST/DIAMOND contro banca dati SwissProt

ESERCITAZIONE 2 - Venerdì 14/05/2024

Per l'esercitazione gli studenti che hanno Windows possono utilizzare SSH su PowerShell
(Andare su Cerca e scrivere PowerShell)
Un software utile per l'interconnessione con il server remoto è FileZilla reperibile qui: https://filezilla-project.org/download.php

Risorsa digitale	Collegamento
Trascrittoma salamndra ridotto	Link
ORF pep	Link
ORF cds	Link
Principali file Diamond	Link
Principali file eggNOG	Link
Principali file Orthofinder (incluso file albero filogentico da aprire con FigTree)	Link